尖锐湿疣复发的原因有很多种，其中最主要的原因是HPV病毒未完全清除及存在亚临床感染。另外一个再找找自身的原因，比如说自己的免疫力比较差，是不是经常酗酒、熬夜等这种损害自身免疫的情况，如果复发以后大家也不要恐慌，经过一些正规的治疗，绝大多数的尖锐湿疣还是可以把它根治的。
预防尖锐湿疣复发，首先要完全清除HPV病毒，从根源上避免尖锐湿疣复发（同时要注意避免再次接触感染源）。目前的治疗，像激光、冷冻、光动力等方法大都是将肉眼可见的疣体破坏掉，并未重视致病源HPV病毒的清除，大部分病毒入侵上皮细胞后，皮肤和黏膜已被感染，而这些病毒在机体抵抗力强时，不能或缓慢繁殖，潜伏在机体内，处于亚临床感染状态，形成“漏网之鱼”，所以当免疫力低下或反复物理摩擦时就有可能长出疣体。
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我国早在2004年就已经有针对尖锐湿疣的中医专利组方，通过临床应用7年验证后，于2011年再次获得国家发明专利（专利号：2011101665723），根据个人病情合理组方“口服+泡洗”结合用药，达到去疣清毒的目的。
临床上有一些患者没有谨遵医嘱，饮食作息做得不到位，或是平时生活习惯不当，都可能使得尖锐湿疣复发可能性变大。因此，尖锐湿疣在治疗期间要注意饮食作息，禁止同房，尽可能地降低复发几率。
