国内诊断生殖器疣主要以肉眼判断和醋酸白试验为主，且多仅观察患者所指的发病部位。而该指南的诊断要点是检查应在光线充足的地方，小的皮损可用放大镜或阴道镜检查。男性都要检查尿道口，最好也检查肛周、肛内。女性均要检查肛周，还要检查有无宫颈和阴道内皮损，最好也检查肛内。典型皮损无需活检，若怀疑有癌前病变或癌，则须行组织病理检查以资鉴别诊断。同时需要与珍珠样阴茎丘疹、皮脂腺异位症、传染性软疣、脂溢性角化病等鉴别。

该指南认为生殖器疣HPV分型检查临床价值不高，不推荐使用。而醋酸白试验检测亚临床HPV感染是否有意义值得商榷。该指南强调扩大检查范围，可能与现代性生活方式多样性和同性恋人群增加有关。对于初发小疣体或亚临床，指南之外的皮肤镜检查和光动力诊断是值得期待的诊断方法。