临床诊断尖锐湿疣时，需注意与以下疾病相鉴别：

1.珍珠样阴茎丘疹病阴茎冠状沟有平等排列的与丝状疣相似的病损，组织病理检查仅见肥大的乳头，其中覆以正常表皮。

2.女阴假性湿疣或绒毛状小阴唇小阴唇或阴道前庭有白色或淡红色小丘疹，光滑，呈颗粒状、丝状或息肉状。组织病理可鉴别。

3.扁平湿疣病损比尖锐湿疣宽而扁，为成簇的扁平丘疹，暗视野显微镜下可查到梅毒螺旋体，梅毒反应强阳性。

4.阴茎或外阴鳞状细胞癌肿瘤向下浸润明显，可形成溃疡并发感染，局部淋巴结受累。组织病理可鉴别。

5.生殖器鲍温样丘疹病生殖器部位多发性棕红色小丘疹。临床上像尖锐湿疣，但组织病理学上类似鲍温病的变化。