尖锐湿疣的鉴别诊断十分重要，一旦有误诊对患者造成很大的精神伤害。女性尖锐湿疣常需与皮脂腺异位症、生殖器癌、扁平湿疣、假性湿疣、生殖器鲍温样丘疹病等鉴别。

(1)皮脂腺异位症：好发于青春期，皮疹多发于口腔黏膜、阴唇等，为多发性淡黄色小丘疹，直径1～2毫米，无特殊不适感。

(2)生殖器部位癌：边界不清，癌有明显的浸润，常形成溃疡，有时应进行病理组织学检查。

(3)扁平湿疣：为梅毒二期皮疹。扁平湿疣基底宽，无蒂，外观扁平，疣体表面潮湿、光滑。暗视野显微镜检查可找到梅毒螺旋体，梅毒血清反应为阳性。

(4)假性湿疣：又称女性绒毛状小阴唇，发生于20～30岁女性外阴，特别是小阴唇内侧阴道前庭，为1～2毫米粘膜色或淡红色小丘疹，表面光滑如鱼子状，群集分布，无自觉症状。

(5)生殖器鲍温样丘疹病：本病较少见，主要与人类乳头瘤病毒16型感染有关。表现为生殖器部在多发性棕红色小丘疹，直径2～10毫米。临床上很像尖锐湿疣，但组织学上类似鲍温病的改变。该病是良性疾病，可持续多年，有一些病例皮损可自然消退。