尖锐湿疣的诊断主要根据病史(性接触史、配偶感染史或间接接触史等)、典型临床表现和实验室检查结果(醋酸白试验、组织病理检查)等等。本病需和假性尖锐湿疣、阴茎珍珠状丘疹、扁平湿疣等进行鉴别。

1.假性湿疣(pseudocondyloma)

常发生在女性小阴唇内侧及阴道前庭，为白色或淡红色小丘疹，表面光滑，对称分布，无自觉症状，醋酸白试验阴性。

2.阴茎珍珠状丘疹(pearlypenilepapules)

发生在男性龟头冠状沟边缘的细小圆锥状、排列成单行或多行的、白色或淡红色小丘疹，不融合，无自觉症状：醋酸白试验阴性。

3.扁平湿疣

为一、二期梅毒特征性皮损，发生在肛门生殖器部位的多个或成群的红褐色蕈样斑块，表面扁平，基底宽，无蒂，常糜烂、渗出，皮损处取材在暗视野下可查到TP，梅毒血清学反应强阳性。