治疗妊娠期尖锐湿疣的原则是保护胎儿，尽可能去除疣体，减少新生儿感染机会。孕期尖锐湿疣的治疗方法首选物理治疗，如电灼、冷冻和电干燥，若损害大，数量多，宜分二次进行，以防止一次治疗过大引起流产。此时应严格避免外用药物使用，因为大部分外用药，如足叶草酯、鬼臼毒素和5-Fu均有致畸的副作用。

部分患者由于妊娠期免疫力低下而致疣体生长迅速，可能引起产道机械性梗阻，应引起高度重视，在早期孕期检查时及时治疗。