尖锐湿疣的临床治疗标准是从去除疣体损害到创面愈合时开始，若超过半年尖锐湿疣没有复发，且鉴别检查呈阴性，则表示临床治疗。

尖锐湿疣的预后一般良好，治疗率较高。尖锐湿疣治疗还会复发，一般复发常见于治疗后3个月内，随着时间的延长，患者传染性降低。如治疗后1年不复发，其传染性和复发的可能性就很小了。绝大部分尖锐湿疣患者在两年内可以达到临床治疗。在感染两年后，绝大部分患者即使使用最敏感的检测方法，也检测不出该病毒。

尖锐湿疣可以并发恶性变。流行病学资料表明，尖锐湿疣与生殖器癌之间有密切关联。有报道说明5%~10%的外阴、宫颈、肛周湿疣经过较长时期后可出现癌变和发展为原位癌和浸润癌，还发现15%阴茎癌、5%女性外阴癌是在原有尖锐湿疣的基础上发生的。许多实验研究也证明HPV、尖锐湿疣和生殖器癌三者之间是存在着因果关系的。