干扰素的副作用较多，用于治疗尖锐湿疣时需要注意以下事项：
用干扰素前必须检查血常规
干扰素常见的为开始应用时出现类似感冒症状，继续应用后对血象等也有一定的影响。因此，用干扰素前必须查血常规，如有异常禁用干扰素。血象正常者，也要在用干扰素5次后就要复查血常规。
绝对禁忌证
以下人群绝对不能使用干扰素进行治疗：妊娠期间、乙肝患者有精神病史（如严重抑郁症）、未能控制的癫痫、未戒断的酗酒或吸毒者、未经控制的自身免疫性疾病（如干燥综合征等）、失代偿期肝硬化（晚期肝硬化，有过腹水、上消化道出血等并发症）、有症状的心脏病、治疗前中性粒细胞计数<1.0x109/L和治疗前血小板计数<50x109/L。
相对禁忌证
相对禁忌证是指使用干扰素治疗有可能加重原发病，所以遇到以下问题时，一定谨慎，如果必须进行抗病毒治疗，可以首选核苷类药物。甲状腺疾病、银屑病、既往抑郁症史、未控制的糖尿病、未控制的高血压、总胆红素>51μmol/L特别是以间接胆红素为主者慎用干扰素治疗尖锐湿疣。
