尖锐湿疣的治疗目标是去除疣体和(或)使症状长期缓解。目前临床中可供选择的治疗方法有如下几种：
手术疗法：对单发、面积小的湿疣，可手术切除;对巨大尖锐湿疣，可用Mohs手术切除，手术时用冷冻切片检查损害是否切除干净。
冷冻疗法：利用-196℃低温的液体氮，此阿勇压冻法治疗尖锐湿疣，促进疣组织坏死脱落。本法适用于数量少、面积小的湿疣。
激光治疗：通常用二氧化碳激光，采用烧灼法治疗尖锐湿疣。本疗法最适用女阴、阴茎或肛周的湿疣。对单发或少量多发湿疣可行一次性治疗，对多发或面积大的湿疣可行2~3次治疗。
电灼治疗：采用高频电针或电刀切除湿疣。本法适用于数量少面积小的湿疣。
微波治疗：采用微波手术治疗机，用辐射探头间断热辐射凝固，凝固的病灶可以用镊子夹除。为防止复发，可对残存的基底部重复凝固一次。
β-射线治疗：应用β-射线治疗尖锐湿疣疗效高，有无痛苦、无损伤、副作用少，复发率低的有点。
药物疗法：外用或内服抗病毒及除疣药物，应用免疫调节剂和中药等。
