干扰素是用于治疗尖锐湿疣的常用药物。干扰素是一种广谱抗病毒药物，它并不会直接将杀病毒杀死，也无法直接抑制病毒。干扰素通常只能通过加强细胞的活力，来增强人体免疫力和提高抗病毒的能力。所以，对尖锐湿疣的治疗其实也只是起到间接的作用。
还有一部分患者使用咪喹莫特或鬼臼毒素的外用药水药膏，其去疣体的效果确实不错，不过以腐蚀的方法去掉疣体，难免对周围皮肤造成皮损，极易发生二次感染，另外这些腐蚀性药物与细胞毒素对皮肤的损害是无法估量的。
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通常外用药都具有较强的刺激性，容易引起尖锐湿疣患者的皮肤过敏、红肿甚至溃烂。但是即使这样，体内的病毒却并没有消除，所以外用治疗尖锐湿疣不仅起不到什么作用，而且可以说是很容易复发，所以，不建议患者使用外用药物进行尖锐湿疣的治疗。
南京优嘉病毒疣医学研究所采用纯中药国家专利配方(专利号2011101665723)治疗尖锐湿疣。该专利配方由金蜥蝎、一见消、山甲、蜈蚣等几十种动植物、矿物药组成。通过清热解毒、疏肝燥湿、软坚散结、扶正祛邪等辨证施药，能彻底将体内残余病毒排出体外，提高机体免疫力，防止尖锐湿疣复发与恶变，从而达到标本兼治的目的。
